1990年7月，经自治区党委批准，新成立的自治区直属机关工委创办了工委党校。为适应新时代党的建设工作需要，提升区直机关党员干部教育培训力量，2013年合并广西广播电视大学区直分校组建新党校。同时，对标对表中央、自治区的规格，新党校加挂广西行政学院区直机关分院牌子。重新组建的工委党校培训工作职能进一步加强，从单纯的党员、党务行业性的培训向党员干部综合教育培训升级，目前承办区直机关和相关单位处级干部、科级干部、中青年干部进修班，党务干部的政治理论学习培训、轮训以及入党积极分子培训、党员发展对象培训、新任处级干部党风廉政培训和公务员继续教育培训等培训业务。
工委党校现有新竹和玉洞两个校区，新竹校区位于民族大道85—2号新竹小区内；玉洞校区位于玉洞大道17号，于2018年9月投入使用，占地面积13亩，建筑面积21833.3平方米，能够同时容纳800名学员在校学习，420名学员在校住宿。
自治区直属机关工委党校现设有办公室、组织人事部（职改办）、党群工作部（党委办公室）、财务部、教务部、教学部、科研部（智库秘书处）、学员工作部、图书信息部等内设机构9个。拥有专兼职教师30余人，其中，副高级职称10人，讲师14人，硕士研究生23人，教研工作涵盖党的基本理论教育、党性教育、能力知识教育三大方面。自治区直属机关工委党校坚守为党育才、为党献策的初心使命，紧紧围绕服务区直机关党建高质量发展这一主线，谋划好教学培训、科研咨政、理论宣讲等工作。
课程体系更加优化。围绕习近平新时代中国特色社会主义思想这一主题，按照党的基本理论教育、党性教育、能力知识教育三大类别打造课程体系。设置了《马列主义经典著作导读》《习近平关于宣传思想文化的重要论述精神》《习近平总书记关于党的建设的重要思想》等专题；打造了《弘扬伟大建党精神 铸牢对党忠诚的政治品格》《坚定理想信念 加强党性修养》等专题；探索开发了《“三会一课”基层党务工作实操》《提高党支部书记素质与能力，充分发挥战斗堡垒作用》《行动学习结构化研讨》等课程。
课程设置更加丰富。紧扣党校为党育才的职责要求，注重提升课程品牌与质量，坚持“请进来”提升授课水平与质量，邀请国防大学郭凤海、全国党建研究会赵湘江、中国社会科学院朱继东、中央团校林江、自治区党校牛先锋等国内知名专家学者以及区直机关各单位领导干部，为学员讲授前沿理论和专业知识，广受学员好评。外聘知名专家学者、区直机关厅局领导干部，整合校内外专兼职教师专业特长，发挥了资源优势，为高质量完成教学任务奠定了坚实的基础。
教育培训更加规范。制定《中共广西壮族自治区直属机关工作委员会党校 广西行政学院区直机关分校干部教育培训学员管理细则》，实行学员考核制度。积极搭建交流互动平台，通过推行课前分享，引导学员“带着经验进党校”，共享经验成果。注重加强班级团队建设，在举办的处级、科级干部进修班和中青年干部进修班成立临时党支部，对班级进行自我管理、自我教育、自我服务。2022年至今，累计举办党性教育、党的理论教育等培训班211期，培训学员17446人次，学员培训量逐年呈递增态势。
理论研究成果突出。近年来，学校教职工在《党建》《思想教育研究》《人民论坛》《理论探讨》《学术论坛》等核心期刊，以及《中国青年报》《民主与法制时报》《广西日报》等重要报纸理论版发表学术论文和理论文章100余篇，围绕党的创新理论最新成果发声；在全区学习贯彻习近平总书记“7·9”重要讲话精神征文比赛中，学校教师撰写的《关于广西机关党建与业务深度融合的几点思考》获区直机关一等奖；《中国式现代化视域下推进乡村生态振兴的逻辑、困境与路径》获广西党校（行政学院）系统第十七次优秀科研成果一等奖。2024年，在AMI核心期刊刊发文章1篇，AMI扩展版期刊刊发文章4篇。
服务地方发展贡献智慧。为履行好为党献策初心使命，充分发挥党校作为区直机关党的哲学社会科学研究阵地作用，创办《学习与思考》，以此为平台组织广大学员、教职工、区直机关党员干部围绕经济社会发展重点问题、民生热点问题和工作难点问题进行深入调研，发挥区直机关党员干部聪明才智，推出一系列高质量咨政报告。2024年工委党校教职工与学员合作的《努力为医疗器械产业纾困解难 助推广西千亿级生物医药产业集群发展》获得省部级领导肯定性批示，《外事工作助力构建国内国际双循环市场经营便利地对策研究》等9篇获厅级领导肯定性批示14次，1篇咨政入选自治区党校《党校要报》，切实为地方发展贡献智慧力量。
服务党建研究更有作为。组织优秀教师参加自治区党委区直机关工委课题组，开展机关党建理论研究和阐释工作。2024年承担的《切实强化党校在高素质专业化干部教育培训制度机制中的独特作用》《充分发挥机关党组织在铸牢中华民族共同体意识示范区建设中的坚强战斗堡垒作用》2项广西党的建设研究会重点课题荣获优秀调研成果三等奖。
近年来，自治区直属机关工委党校累计选派10名优秀党员担任驻村第一书记和工业振兴特派员，学校2021年荣获“全区脱贫攻坚先进集体”荣誉称号，1名工业振兴特派员获评自治区党委“壮大实体经济服务调研活动先进个人”、广西工业振兴特派员先进个人，1名驻村第一书记获评“自治区脱贫攻坚先进个人”。2个基层党组织荣获自治区党委区直机关工委“先进基层党组织”称号，1个基层党组织被评选为自治区党委区直机关工委“四强”党支部，52人次获自治区党委区直机关工委“优秀共产党员”、“优秀党务工作者”和“勤廉先进个人”等荣誉称号。2021年成功创建国家级节约型机关。